6 мая на третьем рейсе было прервано выполнение программы полетов чешской авиакомпании CSA Czech Airlines по маршруту Новосибирск – Прага. Выполнение полетов из Новосибирска предполагалось с апреля по октябрь по средам и субботам.
14 мая на официальном сайте новосибирского аэропорта «Толмачево» появилось заявление чешского перевозчика, извещавшее о том, что «регулярные рейсы «Чешских аэролиний» отменяются с 8/9 мая 2009 г. до осуществления консультаций авиационных властей РФ и Чешской Республики или решения вопроса на уровне министров транспорта обеих стран». Авиаперевозчик взял на себя обязательства перед пассажирами с уже выписанными билетами по доставке в Прагу и обратно первыми возможными рейсами других авиакомпаний, а также по их размещению в гостиницах и предоставлению питания. В заявлении CSA принес искренние извинения за возникшие неудобства и обещал сделать все возможное для оперативного восстановления надежного, качественного и стабильного регулярного воздушного сообщения между Прагой и Новосибирском.
В тот же день в рамках пресс-конференции, состоявшейся в Новосибирске, генеральный директор аэропорта «Толмачево» Алексей Чертенков прокомментировал сложившуюся ситуацию. По его мнению, главной причиной отмены рейсов стала недоработка вопроса чешской стороной. Перед началом полетов не были проведены межправительственные переговоры и, как следствие, CSA не была назначена перевозчиком на маршруте Прага-Новосибирск. Переговоры о предоставлении такого статуса запланированы на лето. В случае их удачного завершения СSA сможет возобновить полеты из Новосибирска уже в июле. В свою очередь «Толмачево», по словам гендиректора, заинтересовано в приходе в Новосибирск иностранных перевозчиков.
Информация о причинах отмены пражского рейса нашла подтверждение в заявлении начальника отдела общественных связей Министерства транспорта РФ Тимура Хикматова, сделанного в тот же день, 14 мая. «В таблице маршрутов CSA не упомянут пункт «Новосибирск». Чехи без согласования с нами начали продажу авиабилетов, но мы на это добро не давали», - сообщил федеральный чиновник. По его данным, CSA выполнила два рейса по разовым разрешениям, вопрос об открытии регулярного сообщения и назначения CSA официальным перевозчиком по маршруту Прага – Новосибирск будет обсуждаться в Минтрансе только в июне